Навигација

Д-ФМ-20-ПГФВ - Популациона генетика фитопатогених вируса

Спецификација предмета
НазивПопулациона генетика фитопатогених вируса
АкронимД-ФМ-20-ПГФВ
Студијски програмПољопривредне науке
МодулФитомедицина
Тип студијадокторске академске студије
Наставник (предавач)
Наставник/сарадник (вежбе)
    Наставник/сарадник (ДОН)
      Број ЕСПБ12.0Статус предметаизборни
      Условљност другим предметиманемаОблик условљености
      Циљеви изучавања предметаПредмет омогућава унапређење постојећих и стицање нових сазнања о генетичкој варијабилности и процесима који доводе до промена унутар популација вируса, променама структуре популације ради бољег разумевања биолошких карактеристика вируса као што су промене у вирулентности, географско распрострањење и појава епидемија, као и еволуцији вируса и интеракцији вируса и биљке домаћина.
      Исходи учења (стечена знања)Студент треба да буде способан да примени стечена знања и покаже разумевање сложених процеса који доводе до генетичких, односно еволутивних промена популација фитопатогених вируса, пре свега промене у генетичкој структури настале деловањем мутација, рекомбинација и псеудорекомбинација, генетичког дрифта, „bootle neck“, „geen flow“, утицаја природне селекције.
      Садржај предмета
      Садржај теоријске наставеПопулациона генетика и генетичка структуре популације и значај генетичке анализе популације; Узроци генетичке варијабилности; Мутације, рекомбинације, псеудорекомбинације и комплементације; Генетички дрифт; „Founder effect“; Проток гена; „Bootle neck“; Типови селекције; Географска структура популације; Метапопулација; Познавање софтверских пакета за генетичке анализе.
      Садржај практичне наставеАнализа генетичке популације одређеног вируса (модел систем) на основу секвенце комплетног генома или одређеног гена. Одређивање генетичке сличности између субпопулација истог вируса са различитих домаћина или са различитих географских подручја.
      Литература
      1. Kumar, S., Stecher, G., and Tamura, K. (2016): MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33: 1870-1874.
      2. Thompson, J.D., Higgins, D.G., Gibson, T.J. 1994. CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positionspecific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22:4673-4680.
      3. Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. 2011. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 28, 2731-2739.
      4. Polanski, A., Kimmel, M. 2007. Bioinformatics. Springer Verlag, I-XVII, 1-376.
      5. Roossinck, J.M. 2008. Plant virus evolution. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg.
      Број часова активне наставе недељно током семестра/триместра/године
      ПредавањаВежбеДОНСтудијски и истраживачки радОстали часови
      604
      Методе извођења наставеТеоријска интерактивна настава. Израда семинарског рада из једне од предвиђених области. Групни пројект: примена компјутерских програма за анализу амино и нуклеотидних секвенци одабраног вируса као модел систем.
      Оцена знања (максимални број поена 100)
      Предиспитне обавезеПоенаЗавршни испитПоена
      Активности у току предавања5Писмени испит
      Практична настава5Усмени испит40
      Пројекти20
      Колоквијуми10
      Семинари20