Navigacija

D-FM-20-PGFV - Populaciona genetika fitopatogenih virusa

Specifikacija predmeta
Naziv Populaciona genetika fitopatogenih virusa
Akronim D-FM-20-PGFV
Studijski program Poljoprivredne nauke
Modul Fitomedicina
Tip studija doktorske akademske studije
Nastavnik (predavač)
Nastavnik/saradnik (vežbe)
    Nastavnik/saradnik (DON)
      Broj ESPB 12.0 Status predmeta izborni
      Uslovljnost drugim predmetima nema Oblik uslovljenosti
      Ciljevi izučavanja predmeta Predmet omogućava unapređenje postojećih i sticanje novih saznanja o genetičkoj varijabilnosti i procesima koji dovode do promena unutar populacija virusa, promenama strukture populacije radi boljeg razumevanja bioloških karakteristika virusa kao što su promene u virulentnosti, geografsko rasprostranjenje i pojava epidemija, kao i evoluciji virusa i interakciji virusa i biljke domaćina.
      Ishodi učenja (stečena znanja) Student treba da bude sposoban da primeni stečena znanja i pokaže razumevanje složenih procesa koji dovode do genetičkih, odnosno evolutivnih promena populacija fitopatogenih virusa, pre svega promene u genetičkoj strukturi nastale delovanjem mutacija, rekombinacija i pseudorekombinacija, genetičkog drifta, „bootle neck“, „geen flow“, uticaja prirodne selekcije.
      Sadržaj predmeta
      Sadržaj teorijske nastave Populaciona genetika i genetička strukture populacije i značaj genetičke analize populacije; Uzroci genetičke varijabilnosti; Mutacije, rekombinacije, pseudorekombinacije i komplementacije; Genetički drift; „Founder effect“; Protok gena; „Bootle neck“; Tipovi selekcije; Geografska struktura populacije; Metapopulacija; Poznavanje softverskih paketa za genetičke analize.
      Sadržaj praktične nastave Analiza genetičke populacije određenog virusa (model sistem) na osnovu sekvence kompletnog genoma ili određenog gena. Određivanje genetičke sličnosti između subpopulacija istog virusa sa različitih domaćina ili sa različitih geografskih područja.
      Literatura
      1. Kumar, S., Stecher, G., and Tamura, K. (2016): MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33: 1870-1874.
      2. Thompson, J.D., Higgins, D.G., Gibson, T.J. 1994. CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positionspecific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22:4673-4680.
      3. Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. 2011. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 28, 2731-2739.
      4. Polanski, A., Kimmel, M. 2007. Bioinformatics. Springer Verlag, I-XVII, 1-376.
      5. Roossinck, J.M. 2008. Plant virus evolution. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg.
      Broj časova aktivne nastave nedeljno tokom semestra/trimestra/godine
      Predavanja Vežbe DON Studijski i istraživački rad Ostali časovi
      6 0 4
      Metode izvođenja nastave Teorijska interaktivna nastava. Izrada seminarskog rada iz jedne od predviđenih oblasti. Grupni projekt: primena kompjuterskih programa za analizu amino i nukleotidnih sekvenci odabranog virusa kao model sistem.
      Ocena znanja (maksimalni broj poena 100)
      Predispitne obaveze Poena Završni ispit Poena
      Aktivnosti u toku predavanja 5 Pismeni ispit
      Praktična nastava 5 Usmeni ispit 40
      Projekti 20
      Kolokvijumi 10
      Seminari 20