Навигација

Д-ФМ-20-БИФВ - Биоинформатика у истраживањима фитопатогених вируса

Спецификација предмета
НазивБиоинформатика у истраживањима фитопатогених вируса
АкронимД-ФМ-20-БИФВ
Студијски програмПољопривредне науке
МодулФитомедицина
Тип студијадокторске академске студије
Наставник (предавач)
Наставник/сарадник (вежбе)
    Наставник/сарадник (ДОН)
      Број ЕСПБ10.0Статус предметаизборни
      Условљност другим предметиманемаОблик условљености
      Циљеви изучавања предметаПримена информационих технологија у карактеризацији молекуларних компоненти биљних вируса. Познавање рачунарских програма за анализу биолошких података и информација аминокиселинских и нуклеотидних секвенци биљних вируса. Решавање биолошких проблема везаних за биљне вирусе коришћењем РНК, ДНК и аминокиселинских секвенци и сродних информација.
      Исходи учења (стечена знања)Од студента се очекује да овлада рачунарском анализом биолошких података: проналажењем, преуизмањем, чувањем, организацијом, архивирањем, анализом и визуелизацијом биолошких, пре свега генетичких информација биљних вируса.
      Садржај предмета
      Садржај теоријске наставеТаксономија и класификација биљних вируса. Повезаност генома и протеинских компоненти вируса, сродност генома биљних вируса. Варијабилност вируса. Врста, сој, хаплотипови. Депоновање секвенци у базе података. Анализа података коришћењем различитих алгоритама. Тестови разликовања популације,тестови идентификације селекционог притиска, тестови рекомбинације.
      Садржај практичне наставеКоришћење рачунара у обради биолошких информација биљних вируса. Интерпретација резултата добијених на основу анализа коришћењем програма информационе технологије.
      Литература
      1. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., and Lefkowitz E.J., (2011): Virus Taxonomy: Classification and Nomenclature of Viruses. IX Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego, Elsevier, 1069-1089.
      2. Thompson, J. D., Higgins, D. G., and Gibson, T. J. (1994): CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positionspecific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22:4673-4680.
      3. Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., and Kumar, S. (2011):. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 28: 2731-2739.
      4. Hall, B. G. (2008): Phylogenetic Trees Made Easy, a how-to Manual, Sinauer Associates, Inc. Sunderland, Massachusetts, USA.
      5. Kumar, S., Stecher, G., and Tamura, K. (2016): MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33: 1870-1874.
      Број часова активне наставе недељно током семестра/триместра/године
      ПредавањаВежбеДОНСтудијски и истраживачки радОстали часови
      602
      Методе извођења наставеТеоријска интерактивна настава. Израда семинарског рада из једне од предвиђених области. Групни пројект: примена компјутерских програма за анализу амино и нуклеотидних секвенци одабраног вируса као модел систем.
      Оцена знања (максимални број поена 100)
      Предиспитне обавезеПоенаЗавршни испитПоена
      Активности у току предавања5Писмени испит
      Практична настава5Усмени испит40
      Пројекти20
      Колоквијуми10
      Семинари20