Navigacija

D-FM-14-BIFB - Bioinformatika u istraživanjima fitopatogenih virusa

Specifikacija predmeta
Naziv Bioinformatika u istraživanjima fitopatogenih virusa
Akronim D-FM-14-BIFB
Studijski program Poljoprivredne nauke
Modul Fitomedicina
Tip studija doktorske akademske studije
Nastavnik (predavač)
Nastavnik/saradnik (vežbe)
    Nastavnik/saradnik (DON)
      Broj ESPB 10.0 Status predmeta izborni
      Uslovljnost drugim predmetima nema Oblik uslovljenosti
      Ciljevi izučavanja predmeta Primena informacionih tehnologija u karakterizaciji molekularnih komponenti biljnih virusa. Poznavanje računarskih programa za analizu bioloških podataka i informacija aminokiselinskih i nukleotidnih sekvenci biljnih virusa. Rešavanje bioloških problema vezanih za biljne viruse korišćenjem RNK, DNK i aminokiselinskih sekvenci i srodnih informacija.
      Ishodi učenja (stečena znanja) Od studenta se očekuje da ovlada računarskom analizom bioloških podataka: pronalaženjem, preuizmanjem, čuvanjem, organizacijom, arhiviranjem, analizom i vizuelizacijom bioloških, pre svega genetičkih informacija biljnih virusa.
      Sadržaj predmeta
      Sadržaj teorijske nastave Taksonomija i klasifikacija biljnih virusa. Povezanost genoma i proteinskih komponenti virusa, srodnost genoma biljnih virusa. Varijabilnost virusa. Vrsta, soj, haplotipovi. Deponovanje sekvenci u baze podataka. Analiza podataka korišćenjem različitih algoritama. Testovi razlikovanja populacije,testovi identifikacije selekcionog pritiska, testovi rekombinacije.
      Sadržaj praktične nastave Korišćenje računara u obradi bioloških informacija biljnih virusa. Interpretacija rezultata dobijenih na osnovu analiza korišćenjem programa informacione tehnologije.
      Literatura
      1. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., and Lefkowitz E.J., (2011): Virus Taxonomy: Classification and Nomenclature of Viruses. IX Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego, Elsevier, 1069-1089.
      2. Thompson, J. D., Higgins, D. G., and Gibson, T. J. (1994): CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positionspecific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22:4673-4680.
      3. Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., and Kumar, S. (2011):. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 28: 2731-2739.
      4. Hall, B. G. (2008): Phylogenetic Trees Made Easy, a how-to Manual, Sinauer Associates, Inc. Sunderland, Massachusetts, USA.
      5. Kumar, S., Stecher, G., and Tamura, K. (2016): MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33: 1870-1874.
      Broj časova aktivne nastave nedeljno tokom semestra/trimestra/godine
      Predavanja Vežbe DON Studijski i istraživački rad Ostali časovi
      5 0 3
      Metode izvođenja nastave Teorijska interaktivna nastava. Izrada seminarskog rada iz jedne od predviđenih oblasti. Grupni projekt: primena kompjuterskih programa za analizu amino i nukleotidnih sekvenci odabranog virusa kao model sistem.
      Ocena znanja (maksimalni broj poena 100)
      Predispitne obaveze Poena Završni ispit Poena
      Aktivnosti u toku predavanja 5 Pismeni ispit
      Praktična nastava 5 Usmeni ispit 40
      Projekti 20
      Kolokvijumi 10
      Seminari 20